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Besoins de vos lumieres Chrom. volcanum Kompina KV 03-21


Bavardages
ritififi
Le 26 juillet 2013 à 14h18
Je viens de voir le poste de guiyom40 qui me chagrine un-peux  :)
Donc il ne s'appelle plus Chromaphyosemion sp Kompina KV 03-21 en revanche sur le KR N°3/2013 page 23 j'ai pu remarqué un autre nom et pourtant avec le même code de collecte voici le nom qui est noté Chromaphyosemion sp aff volcanum Kompina KV 03-21.
Est-ce que cela est une erreur ou bien il a été pêché durant la collecte deux espèces de Chromaphyosemion
À vrai dire je ne comprends pas trop  ;D 
Guillaume Schmitt
Guillaume Schmitt [Goug1805]
Le 26 juillet 2013 à 14h38
Bah ça reste un Chromaphyo péché à Kompina au point KV 03-21
Le seul truc qui change c'est la précision qui le rapproche de volcanum (aff. qui veut dire "proche de", mais sans être sûr) alors qu'avant non (sp. tout court)
ritififi
Le 26 juillet 2013 à 14h45
Guillaume Schmitt [Goug1805]
a écrit le 26 juillet 2013 à 14h38
Bah ça reste un Chromaphyo péché à Kompina au point KV 03-21
Le seul truc qui change c'est la précision qui le rapproche de volcanum (aff. qui veut dire "proche de", mais sans être sûr) alors qu'avant non (sp. tout court)



Aff veut dire que l'on n'est pas sur l’espèce tou comme cf et sp veux dire qu'il n'a pas été décrit ;D
Sur ce point j'ai largement compris ce que je veux savoir ces s'il y a deux espèces différentes de Chromaphyosemion Kompina qui ont été pêcher aux mêmes endroits
Guillaume Schmitt
Guillaume Schmitt [Goug1805]
Le 26 juillet 2013 à 14h56
ritififi
a écrit le 26 juillet 2013 à 14h45



Aff veut dire que l'on n'est pas sur l’espèce tou comme cf et sp veux dire qu'il n'a pas été décrit ;D
Sur ce point j'ai largement compris ce que je veux savoir ces s'il y a deux espèces différentes de Chromaphyosemion Kompina qui ont été pêcher aux mêmes endroits

Presque : Aff. et Cf. veulent dire que l'espèce est indéterminée mais proche de ; alors que sp. c'est juste indéterminé. Je suis pointilleux, je sais mais en biologie c'est comme ça, faut de la rigueur.
Bah non sinon il y aurait un sp1 et un sp2 ; Kompina c'est le lieu de pêche (enfin je pense que tu avais pigé ça ;) ), donc un seul poisson (espèce) péché mais qui est passé du statut d'indéterminé au status de proche de volcanum
Jonathan Gimenez
Jonathan Gimenez [John]
Le 26 juillet 2013 à 15h17
ritififi
a écrit le 26 juillet 2013 à 14h45



Aff veut dire que l'on n'est pas sur l’espèce tou comme cf et sp veux dire qu'il n'a pas été décrit ;D
Sur ce point j'ai largement compris ce que je veux savoir ces s'il y a deux espèces différentes de Chromaphyosemion Kompina qui ont été pêcher aux mêmes endroits


Ben pas complétement visiblement  :):
[i]sp.[/i] : espèce non déterminée ;
[i]sp. aff.[/i] [i]species[/i] : espèce non déterminée présentant des affinités avec l'espèce [i]species[/i] (aff. = affinis) ;
[i]cf. [/i][i]species[/i] : "[...] est employé dans la nomenclature pour désigner un spécimen qui ressemble à une espèce connue sans en avoir toutes les caractéristiques (il peut s'agir d'une espèce proche ou d'une variété ou d'une simple forme atypique)" (source Wikipedia).

En gros, les 3 dénominations traduisent la proximité plus ou moins grande d'un spécimen ou d'une population pas encore clairement identifié à l'ensemble des espèces déjà connues : totalement inconnu ([i]sp.[/i]), inconnu mais présentant des affinités avec un taxon connu ([i]sp. aff. species[/i]) et proche d'un taxon connu, possiblement une simple variante ([i]cf. species.[/i]).

Maintenant, ces identifications sont données le plus souvent au moment de la collecte par les collecteurs qui ne sont pas forcément des spécialistes ; elles peuvent aussi êtres "retouchées" par certains éleveurs, plus ou moins fins connaisseurs d'un groupe d'espèces et qui pensent reconnaître chez les poissons qu'ils élèvent des traits les rapprochant de taxons déjà décrits.

En l'occurrence il n'y a bien qu'une seule espèce qui a été pêchée à cet endroit, son identification pose simplement problème : qu'on l'appelle [i]sp.[/i] ou [i]sp. aff. volcanum[/i], c'est le même poisson et très certainement une espèce à part. La question qu'illustre cette double appellation est celle de sa proximité avec [i]volcanum[/i].
Guillaume Schmitt
Guillaume Schmitt [Goug1805]
Le 26 juillet 2013 à 15h23
Ouf, merci John j'ai pas dit de conneries...
Ancien utilisateur
Le 26 juillet 2013 à 15h28
Guillaume Schmitt [Goug1805]
a écrit le 26 juillet 2013 à 15h23
Ouf, merci John j'ai pas dit de conneries...

t'inquiètes, d'autres s'en chargent !  :-[
ritififi
Le 26 juillet 2013 à 16h09
Donc cela veut dire qu'il est diffusé sous plusieurs noms, mais qui veut dire que c'est exactement le même poisson
Olivier Gentil
geopanchax KCF
Le 26 juillet 2013 à 19h07
Ancien utilisateur a écrit le 26 juillet 2013 à 15h28

t'inquiètes, d'autres s'en chargent !  :-[


Oui, ça ne fait aucun doute!!!
Piaf
Le 26 juillet 2013 à 21h03
John vient de bien nous résumer tout ça.

Le problème c’est qu’avec le [i]Chrom. sp. Kompina[/i] on est en présence d’un petit dilemme, où examen du phénotype et information issue des analyses génétiques ne convergent pas exactement sur une même conclusion rapidement limpide :
- le [i]sp. Kompina[/i] présente en effet un phénotype particulièrement typique, qui le distingue au premier coup d’œil d’un autre [i]Chrom. volcanum[/i], aucune des populations connues de ce dernier taxon ne présentant un phénotype vraiment proche de celui du Kompina. Et cela reste même vrai lorsque l’on considère les femelles de Kompina, présentant elles aussi un phénotype très typé, différent de celui des autres femelles de Chroma ;
- pourtant, les résultats des analyses génétiques jusque là effectuées n’indiquent aucune véritable différence entre le [i]sp.[/i] Kompina et le reste du taxon [i]volcanum[/i] ; ce qui pousserait donc, si l’on ne considérait que la seule base des outils génétiques actuels, à rattacher ce poisson sans trop d’hésitation simplement à ce taxon [i]volcanum[/i]. Et donc de considérer que ce phénotype très typique n'est en fait qu'un éco-phénotype, non encore profondément ancré par une différenciation génétique bien marquée.
Là je cite de mémoire les propos de Jean-François Agnèse lors d’une discussion sur le sujet ; il rectifiera donc lui-même mon baratin si un défaut de mémoire m’a ici fait déformer quelque chose... Avant d’écrire ce post, je n’ai en effet pas pris le temps de relire Agnese et al. 2006 ; peut être aurais-je dû...
(référence pour ceux que le sujet intéresse : Agnèse J.-F., Zentz F., Legros O. & Sellos D. - Phylogenetic relationships and phylogeography of the KilliWsh species of the subgenus Chromaphyosemion (Radda, 1971) in West Africa, inferred from mitochondrial DNA sequences - Molecular Phylogenetics and Evolution 40 (2006) 332–346)

Pour l’instant, le cas du Kompina parait donc bien adapté au recours à une abréviation du type [i]Chrom. sp. aff. volcanum[/i], voire encore [i]Chrom. sp. Cf. volcanum[/i]...
ChrisOne
Le 27 juillet 2013 à 11h52
Très intéressant,

Quels gènes utilises-tu pour ta phylogénie?

Je me demandais justement pour les Aphyosemions, si des gènes à évolution plus rapide ne pourraient pas donner des résultats plus satisfaisant qu'avec des marqueurs classiques, étant donné qu'ils ont l'air d'évoluer rapidement eux-mêmes?

@ plus

Chris

Piaf
Le 31 juillet 2013 à 04h44
ChrisOne
a écrit le 27 juillet 2013 à 11h52
Très intéressant,

Quels gènes utilises-tu pour ta phylogénie?

Je me demandais justement pour les Aphyosemions, si des gènes à évolution plus rapide ne pourraient pas donner des résultats plus satisfaisant qu'avec des marqueurs classiques, étant donné qu'ils ont l'air d'évoluer rapidement eux-mêmes?

@ plus

Chris


Je suppose que ces questions s'adressent à JF lui même. Moi je ne suis pas du tout compétant sur le sujet. Je peux juste, si ça t'intéresse, t'envoyer le pdf de Agnèse [i]et al.[/i] 2006 (voir en MP), dont le "Matériel et méthodes" m'a l'air assez détaillé (mais moi je passe très vite sur cette partie dans ce genre de papier : ce n'est pas du tout mon domaine).

A propos de ce papier Agnèse [i]et al.[/i] 2006, que je cites dans mon post précédent à propos du Kompina, je viens de prendre le temps de le relire, et de réaliser ainsi qu'il n'y est en fait jamais question de Kompina ! [b]Mea culpa ![/b] Mais il faut dire, à ma décharge, que le cas de la plupart des autres [i]Chrom. sp.[/i] y est cependant abordé et discuté...
Je ne me souviens plus dans quel papier JF a donc publié les résultats des analyses englobant [i]Chrom. sp.[/i] Kompina. C'est probablement dans un article que je ne possède qu'en version papier ; et je n'arrive plus à remettre la main dessus (va falloir que j'envisage de chercher dans la volumineuse catégorie "pas trop rangé"... ! ).

Dernière remarque sur le sujet : Olivier, alias Chromaphyo, sur son site sur les Chroma
(ICI : [url=http://www.chromaphyosemion.be/les-especes]http://www.chromaphyosemion.be/les-especes[/url] )
ne fait plus apparaitre (comme par le passé) de catégorie "Phénotypes non décrits" et s'est résolu à lister les points de pêche correspondant au phénotype Kompina dans la liste des points de pêche correspondant au taxon [i]Chrom. volcanum[/i].

Olivier, si tu as envie de commenter cette position (rejoignant donc celle de JFA, du moins si je ne me trompe), nous aurons grand plaisir à te lire...
Voire, si JFA et toi en êtes tous deux d'accord, à ensuite tous nous rallier (moi le premier, bien que que je ne l'ai pourtant pas encore fait sur ma liste de maintenance) à ce classement, par ailleurs plus simple, de ce poisson dans le taxon [i]volcanum[/i] et ainsi à tous finalement le baptiser : [color=blue][b][i]Chrom. volcanum[/i] phenotype Kompina[/b][/color] (bien sûr suivi de son code de pêche, nom du point de pêche éventuellement inclus lorsqu'un nom de lieu a de plus été utilisé par le collecteur).
Ce serait tellement plus simple et logique que nous utilisions tous la même appellation pour le même poisson ! Jusque là, l'appellation "officielle" entre killiphiles paraissait être [i]Chrom. sp. aff. volcanum[/i] Kompina, mais si c'est plus logique de changer pour une appellation plus pertinente, pourquoi ne pas tous le faire tout de suite ! Il suffit juste de bien s'entendre puis de faire correctement circuler l'information. De nos jours, ce n'est vraiment plus compliqué...

Et il y aurait très sûrement le même genre de ménage à faire dans nos listes de maintenance concernant d'autres phénotypes de Chroma jusque là non encore rattachés avec certitude à un taxon décrit. Par exemple le [i]sp.[/i] Likado ou le [i]sp.[/i] Mboro (appellations devenant respectivement [i]Chrom. splendopleure[/i] phenotype Likado et [i]Chrom. splendopleure[/i] phenotype Mboro) pour ne citer que les deux premiers qui me viennent à l'esprit...
Jean-François Agnese
JF34 KCF
Le 31 juillet 2013 à 08h14
Bonjour

En effet les [i]A. volcanum[/i] de Kompina ont été étudiés après 2006 et les résultats ne sont pas encore publiés.
Génétiquement, c'est bien du [i]A. volcanum[/i] pour ce qui concerne leur ADN mitochondrial. Je n'ai pas encore analysé les résultats qui portent sur l'ADN nucléaire pour statuer définitivement sur leur appartenance génétique à [i]A. volcanum[/i].
Ensuite il faudra décider...
Pour l'instant je suis occupé ailleurs mais c'est un projet qu'Olivier et moi mènerons à son terme.
Faut juste pas être pressé.

JF
ChrisOne
Le 31 juillet 2013 à 09h39
Merci pour vos réponses,

Je serai intéressé par la publication que tu as mentionné

Merci

@ plus

Chris
Chromaphyo
Le 31 juillet 2013 à 13h52
Piaf
a écrit le 31 juillet 2013 à 04h44

Je suppose que ces questions s'adressent à JF lui même. Moi je ne suis pas du tout compétant sur le sujet. Je peux juste, si ça t'intéresse, t'envoyer le pdf de Agnèse [i]et al.[/i] 2006 (voir en MP), dont le "Matériel et méthodes" m'a l'air assez détaillé (mais moi je passe très vite sur cette partie dans ce genre de papier : ce n'est pas du tout mon domaine).

A propos de ce papier Agnèse [i]et al.[/i] 2006, que je cites dans mon post précédent à propos du Kompina, je viens de prendre le temps de le relire, et de réaliser ainsi qu'il n'y est en fait jamais question de Kompina ! [b]Mea culpa ![/b] Mais il faut dire, à ma décharge, que le cas de la plupart des autres [i]Chrom. sp.[/i] y est cependant abordé et discuté...
Je ne me souviens plus dans quel papier JF a donc publié les résultats des analyses englobant [i]Chrom. sp.[/i] Kompina. C'est probablement dans un article que je ne possède qu'en version papier ; et je n'arrive plus à remettre la main dessus (va falloir que j'envisage de chercher dans la volumineuse catégorie "pas trop rangé"... ! ).

Dernière remarque sur le sujet : Olivier, alias Chromaphyo, sur son site sur les Chroma
(ICI : [url=http://www.chromaphyosemion.be/les-especes]http://www.chromaphyosemion.be/les-especes[/url] )
ne fait plus apparaitre (comme par le passé) de catégorie "Phénotypes non décrits" et s'est résolu à lister les points de pêche correspondant au phénotype Kompina dans la liste des points de pêche correspondant au taxon [i]Chrom. volcanum[/i].

Olivier, si tu as envie de commenter cette position (rejoignant donc celle de JFA, du moins si je ne me trompe), nous aurons grand plaisir à te lire...
Voire, si JFA et toi en êtes tous deux d'accord, à ensuite tous nous rallier (moi le premier, bien que que je ne l'ai pourtant pas encore fait sur ma liste de maintenance) à ce classement, par ailleurs plus simple, de ce poisson dans le taxon [i]volcanum[/i] et ainsi à tous finalement le baptiser : [color=blue][b][i]Chrom. volcanum[/i] phenotype Kompina[/b][/color] (bien sûr suivi de son code de pêche, nom du point de pêche éventuellement inclus lorsqu'un nom de lieu a de plus été utilisé par le collecteur).
Ce serait tellement plus simple et logique que nous utilisions tous la même appellation pour le même poisson ! Jusque là, l'appellation "officielle" entre killiphiles paraissait être [i]Chrom. sp. aff. volcanum[/i] Kompina, mais si c'est plus logique de changer pour une appellation plus pertinente, pourquoi ne pas tous le faire tout de suite ! Il suffit juste de bien s'entendre puis de faire correctement circuler l'information. De nos jours, ce n'est vraiment plus compliqué...

Et il y aurait très sûrement le même genre de ménage à faire dans nos listes de maintenance concernant d'autres phénotypes de Chroma jusque là non encore rattachés avec certitude à un taxon décrit. Par exemple le [i]sp.[/i] Likado ou le [i]sp.[/i] Mboro (appellations devenant respectivement [i]Chrom. splendopleure[/i] phenotype Likado et [i]Chrom. splendopleure[/i] phenotype Mboro) pour ne citer que les deux premiers qui me viennent à l'esprit...


Elle est toujours là mais pas visible pour le public. Je dois la retravailler ainsi que continuer à remodeler ce site. c'est un très gros travail qui nécessite beaucoup de temps. Dans les prochains mois, il est prévu de finir les fiches des espèces déjà décrites et de mettre à disposition une clé de détermination interactive.
Piaf
Le 31 juillet 2013 à 14h59
JF34 KCF
a écrit le 31 juillet 2013 à 08h14
Bonjour

En effet les [i]A. volcanum[/i] de Kompina ont été étudiés après 2006 et les résultats ne sont pas encore publiés.
Génétiquement, c'est bien du [i]A. volcanum[/i] pour ce qui concerne leur ADN mitochondrial. Je n'ai pas encore analysé les résultats qui portent sur l'ADN nucléaire pour statuer définitivement sur leur appartenance génétique à [i]A. volcanum[/i].
Ensuite il faudra décider...
Pour l'instant je suis occupé ailleurs mais c'est un projet qu'Olivier et moi mènerons à son terme.
Faut juste pas être pressé.

JF

Ça tombe bien, justement, on est pas pressés...
(c'est toujours ce que je réponds aux gens qui me disent que l'alcool tue lentement... )
Et puis, patience et killiphilie, c'est quasi synonyme non ?

[i]Post Sriptum[/i] : je suis très fier d'avoir simultanément fait sortir de leur tanière estivale les deux grands spécialistes francophones des Chroma...
Piaf
Le 31 juillet 2013 à 16h09
ChrisOne
a écrit le 31 juillet 2013 à 09h39
Merci pour vos réponses,

Je serai intéressé par la publication que tu as mentionné

Merci

@ plus

Chris

MP envoyé
Jean-François Agnese
JF34 KCF
Le 31 juillet 2013 à 18h38
Chromaphyo
a écrit le 31 juillet 2013 à 13h52


Elle est toujours là mais pas visible pour le public. Je dois la retravailler ainsi que continuer à remodeler ce site. c'est un très gros travail qui nécessite beaucoup de temps. Dans les prochains mois, il est prévu de finir les fiches des espèces déjà décrites et de mettre à disposition une clé de détermination interactive.


Non pas le même guide, je ne faisais pas partie de l'expé ADGP 11 ;D

JF
Chromaphyo
Le 31 juillet 2013 à 19h13
Je voulais parler de Cyrille D.
Jean-François Agnese
JF34 KCF
Le 31 juillet 2013 à 19h57
Chromaphyo
a écrit le 31 juillet 2013 à 19h13
Je voulais parler de Cyrille D.

;D j'avais compris ....

T'es sûr que c'est ... mon guide?


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